马克思主义学院党总支全称为中国共产党江西中医药大学马克思主义学院总支部委员会，是学校党委领导下的基层党组织，前身为马克思主义学院直属党支部。党总支现有党员35名，下设3个教师党支部。党总支曾荣获 “堡垒榜”优秀党支部，多名党员先后荣获“优秀党务工作者”、“党员先锋岗”等荣誉称号。
党总支坚持以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观、习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，紧紧围绕学校和学院的中心工作，努力建设一支政治强、情怀深、思维新、视野广、自律严、人格正的教师队伍，努力建设一支政治站位高、奉献精神足、教艺精湛、师德高尚的先锋党员队伍，为全面推进世界中医药名校建设提供马院智慧、贡献马院力量。
